O Educandário Santista funciona em Sede própria, contando com área total de 7.902,80m2.

No espaço da Organização encontram-se diversas salas de aula nos andares térreo e superior, banheiros de acordo com as faixas etárias, Auditório, Brinquedoteca, Sala de Informática, Quadra poliesportiva, Salão de Festas/Espaço Gourmet, Refeitório, Cozinha Industrial, Playground, Cozinha Experimental Infantil para atividades com os alunos, Sala de Projeção/Espaço Cinema para os alunos, Salas Administrativas/Equipe Técnica, Salão Nobre para reuniões e exposições, Lactário, Lavanderia, Churrasqueira para eventos, Estacionamento, e Bazar das Pechinchas (aberto à comunidade).

Nas salas de aula, a Organização conta com mobiliário específico para cada faixa etária e climatização.

Recentemente nossa Sede passou por uma reforma que incluiu no espaço físico um elevador, uma rampa de acesso e mais um banheiro acessível, possibilitando o acesso ao piso superior de pessoas com deficiência e mobilidade reduzida.

Na preocupação com o meio ambiente, a Organização também conta com lixeiras para coleta seletiva de lixo em e uma para a captação e armazenamento da água das chuvas.

Além do citado, os locais de circulação dos alunos são cobertos e possuem gradil para que possam utilizar o espaço livremente e com segurança. Outras medidas de segurança incluem proteções nos banheiros infantis e Plano de Segurança contra Incêndio, conforme o Auto de Vistoria do Corpo de Bombeiros (AVCB).